A causa del bug Quartus® II, potrebbero essere presenti errori di porta mancanti SERDES come rx_signaldetect, tx_pipemargin o tx_pipedeemph dopo aver rigenerato il core PCIe in versioni Quartus diverse. Questo problema è documentato nella tabella 20-2 nelle Note di rilascio della libreria IP Megacore e errata (PDF).
Per risolvere questo problema, eseguire i seguenti passaggi:
1. Rimuovere _serdes.v nella directory del progetto
2. Rigenerare il core PCIE utilizzando MegaWizard o SOPC Builder.